Il n'est pas toujours possible de booter un ordinateur à partir du disque dur. Par exemple, si l'on a fait une erreur en configurant LILO, on peut rendre le système indémarrable. Pour de telles situations, on a besoin d'une solution de remplacement qui marchera toujours (pour autant que le matériel fonctionne). Pour la majeure partie des PCs, cela signifie démarrer à partir du lecteur de disquettes.
La plupart des distributions Linux permettent de créer une disquette de démarrage d'urgence lors de l'installation. Il est préférable de le faire. Toutefois, ces disquettes contiennent seulement le noyau et supposent qu'on utilisera les programmes des disquettes d'installation pour régler les problèmes. Quelquefois, ces programmes ne suffisent pas ; par exemple, on peut avoir à restaurer des fichiers sauvegardés avec un logiciel ne se trouvant pas sur ces disquettes d'installation.
Par conséquent, il peut être nécessaire de créer une disquette root personnalisée. Le Bootdisk HOWTO de Graham Chapman ([Cha]) contient toutes les instructions nécessaires. On doit, bien sûr, ne pas oublier de tenir à jour les disquettes de démarrage et root.
On ne peut pas employer le lecteur de disquettes utilisé pour monter la disquette root pour quoi que ce soit d'autre. Ceci peut être gênant si l'on n'a qu'un seul lecteur. Cependant, si l'on a assez de mémoire, on peut configurer sa disquette de démarrage pour charger la disquette root dans un disque virtuel (le noyau de la disquette de démarrage doit être configuré d'une façon spéciale pour fonctionner comme ça). Lorsque le contenu de la disquette root a été chargée dans le disque virtuel, le lecteur de disquettes est disponible pour monter d'autres disquettes.