L'action consistant à mettre en marche un ordinateur et à charger son système d'exploitation5.3 s'appelle la phase de boot. Le terme de << boot >> vient de l'image d'un ordinateur se chaussant tout seul grâce à des chausse-pieds (NDT : << bootstrap >> en anglais), mais la réalité est légèrement différente.
Pendant la phase de boot, l'ordinateur charge d'abord un petit morceau de code appelé le chargeur qui, à son tour, charge et lance le système d'exploitation. Le chargeur se trouve habituellement à un endroit précis du disque dur ou de la disquette. La raison de ce processus en deux étapes est que le système d'exploitation est gros et complexe, mais que le premier morceau de code que l'ordinateur charge doit être très réduit (quelques centaines d'octets) pour éviter d'avoir un micro-programme trop compliqué.
Les divers ordinateurs réalisent différemment la phase de boot. Pour les PCs, l'ordinateur (son BIOS) lit le premier secteur (appelé le secteur de boot) d'une disquette ou du disque dur. Le chargeur se trouve dans ce secteur. Il charge le système d'exploitation se trouvant quelque part ailleurs sur le disque.
Lorsque Linux a été chargé, il initialise le matériel et les pilotes de périphériques, puis lance init. init lance les autres processus permettant aux utilisateurs de se logger et de travailler. Cette partie sera détaillée plus tard.
Afin d'arrêter un système Linux, tous les processus doivent d'abord être informés qu'ils doivent se terminer (ceci leur permet de fermer les fichiers et de réaliser les autres choses nécessaires pour garder tout en ordre), puis les systèmes de fichiers et les zones de swap sont démontés, et, enfin, un message est affiché sur la console indiquant que l'alimentation peut être coupée. Si la procédure correcte n'est pas suivie, des choses terribles peuvent survenir ; le plus important est que le tampon cache du système de fichiers peut ne pas être vidé, ce qui signifie que toutes les données qu'il contient sont perdues et que le système de fichiers du disque est incohérent, et donc éventuellement inutilisable.