La meilleure astuce pour économiser l'espace disque est d'éviter d'installer les programmes non nécessaires. La plupart des distributions Linux permettent de n'installer qu'une partie des paquetages qu'elles contiennent, et, en analysant ses besoins, on peut noter que l'on n'a pas besoin de la plupart d'entre eux. Cela permet d'économiser beaucoup de place car de nombreux programmes sont plutôt gros. Même si on a besoin d'un paquetage ou d'un programme particulier, on n'a pas forcément besoin de tout ce qu'il contient. Par exemple, la documentation en ligne n'est pas toute nécessaire, de même que certains fichiers elisp de GNU Emacs, certaines fontes X11, ou certaines bibliothèques pour la programmation.
Si l'on ne peut désinstaller les paquetages, on peut se tourner vers la compression. Les programmes de compression comme gzip ou zip compressent (et décompressent) les fichiers individuellement ou en groupe. Le système gzexe compresse et décompresse les programmes de façon transparente pour l'utilisateur (les programmes inutilisés sont compressés, puis décompressés lorsqu'ils sont utilisés). Le système expérimental DouBle compresse tous les fichiers d'un système de fichiers de façon transparente pour les programmes qui les utilisent. (Même principe que des produits comme Stacker sous MS-DOS).