Partitionner un disque de la meilleure façon possible n'est pas chose aisée. De plus, il n'y a pas une méthode correcte universelle, trop de facteurs sont en cause.
La méthode traditionnelle consiste à avoir un système de fichiers racine (relativement) petit, contenant /bin, /etc, /dev, /lib, /tmp, et tout ce qui est nécessaire au lancement et à l'exécution du système. De cette façon, le système de fichiers racine (dans sa propre partition ou son propre disque) suffit à mettre en place le système. Le raisonnement poursuivi est que, si le système de fichiers racine est petit, et pas trop utilisé, il y a peu de chances qu'il soit abîmé lors d'un crash du système et qu'il sera donc plus facile de corriger les problèmes provoqués par ce crash. On crée donc des partitions distinctes, ou on utilise des disques différents, pour l'arborescence des répertoires se trouvant sous /usr, les répertoires utilisateurs (souvent sous /home), et l'espace de swap. Séparer les répertoires utilisateurs (avec les fichiers de ceux-ci) dans leur propre partition rend les sauvegardes plus faciles car il n'est généralement pas nécessaire de sauvegarder les programmes (qui se trouvent sous /usr). Dans un environnement en réseau, il est aussi possible de partager /usr entre les différentes machines (en utilisant NFS, par exemple), et donc de réduire l'espace disque total requis pour les dizaines ou centaines de méga-octets multipliés par le nombre de machines.
Le problème des partitions multiples est qu'elles fractionnent l'espace disque disponible en plusieurs petites parties. De nos jours, comme les disques et (heureusement) les systèmes d'exploitation sont plus fiables, beaucoup préfèrent n'avoir qu'une seule partition contenant tous leurs fichiers. D'un autre côté, il est moins difficile de sauvegarder (et de restaurer) une petite partition.
Pour un petit disque dur (en supposant que l'on ne fasse pas de développement du noyau), la meilleure façon de faire est, probablement, de n'avoir qu'une seule partition. Pour les gros disques, il est sûrement préférable d'avoir quelques grosses partitions, juste au cas où quelque chose n'irait pas. On notera que les termes << petits >> et << gros >> sont relatifs ; les besoins en espace disque décident de leur seuil.
Si l'on a plusieurs disques, on peut vouloir avoir le système de fichiers racine (avec /usr) sur l'un, et les répertoires utilisateurs sur un autre.
Il est souhaitable d'expérimenter un peu les différents procédés de partitionnement (avec le temps, pas seulement lors de la première installation du système). Cela représente un peu de travail, car cela implique essentiellement que l'on réinstalle plusieurs fois le système à partir de zéro, mais c'est la seule façon d'être sûr que l'on fait correctement les choses.