Il y a généralement peu de raisons d'utiliser plusieurs systèmes de fichiers différents. Actuellement, ext2fs est le plus répandu, et probablement le meilleur choix. Selon le surcoût dû aux structures de données, la vitesse, la fiabilité (perçue), la compatibilité, et pour diverses autres raisons, il peut être préférable d'en utiliser un autre. Ceci doit être décidé au cas par cas.