L'horloge logicielle Linux n'est pas toujours précise. Elle est maintenue en fonctionnement par une interruption timer périodique générée par le PC. Si le système a trop de processus en train de tourner, cela peut prendre trop de temps pour s'occuper de l'interruption du timer, et l'horloge logicielle commence à dériver. L'horloge matérielle tourne indépendamment et est, généralement, plus précise. Si l'on démarre souvent son ordinateur (comme c'est le cas pour la plupart des systèmes qui ne sont pas des serveurs), il gardera normalement une heure relativement précise. Si on doit ajuster l'horloge matérielle, il est généralement plus simple de redémarrer, d'aller dans la configuration du BIOS, et de le faire de là. Ceci évite tous les problèmes qu'un changement d'heure système peut causer. Si on ne peut le faire à partir du BIOS, on met la nouvelle heure avec date et clock (dans cet ordre), mais on doit être prêt à redémarrer si une partie du système commence à se comporter curieusement. Un ordinateur en réseau (même si c'est juste à travers un modem) peut vérifier automatiquement sa propre horloge en la comparant avec l'heure d'un autre ordinateur. Si cet autre ordinateur est connu pour avoir une horloge très précise, les deux ordinateurs auront une heure précise. Ceci peut se faire en utilisant les commandes rdate et netdate. Les deux vérifient l'heure d'un ordinateur distant (netdate peut gérer plusieurs ordinateurs distants), et mettent l'heure de l'ordinateur local à celle-ci. En lançant régulièrement l'une de ces commandes, notre ordinateur gardera une heure aussi précise que celle de l'ordinateur distant.