Généralement, les données écrites sur le disques sont stockées par les systèmes de fichiers sous forme de clusters.

La FAT pointe sur une zone du disque appelée cluster, qui regroupe par exemple 512, 1024, ou 32 768 octets. 
Plus la partition (ou le disque dur si il n'est pas partitionné) est grande, plus les clusters ont une taille importante, ce qui fait perdre de la place. En effet, tout fichier, même de quelques octets occupe obligatoirement un nombre entier de clusters, ce qui peut aller jusqu'à 32 Ko pour un disque dur 2 Go.

Avec la FAT 16, qui date du DOS 1.00, la limite de grandeur des partitions est de 2 Go, le reste n'étant pas reconnu. Un bit ayant deux possibilités, 16 bits peuvent contenir un nombre allant de 0 à 65535: (2 à la puissance 16), ce qui fait qu'il ne peut y avoir que 65 535 clusters. Ils ont donc une taille de 32 Ko, et l'espace perdu est d'environ 10 %. 

Il existe une solution: partitionner le disque dur. Cette opération permet de diminuer la taille des clusters, et d'accéder à la totalité du disque dur. Par exemple, si vous avez un disque de 3 Go, vous pouvez le partitionner en 2 Go + 1 Go, ou 2 fois 1,5 Go, etc... Dans l'utilisation courante, ceci reviendra au même que d'avoir deux disques durs différents, comme par exemple C: et D:. Le résultat est aussi que les partitions seront reconnues, et plus petites. Donc les clusters aussi, et la place perdue sera moins importante.

Pour partitionner les disques durs, il existes plusieurs outils. Le plus connu est FDISK. Il est fourni avec MS-DOS. Le partitionnement d'un disque avec FDISK efface toutes les données, d'où l'importance de les sauvegarder avant l'opération. Mais il existe aussi d'autres outils, tels que "Partition Magic" qui permet de partitionner sans perdre les données. Il est disponible sur Internet à l'adresse suivante: http://www.powerquest.com. 

Pour la FAT 32, la limite est fixée à 2048 Go, et la taille maximale des clusters à 4 Ko, soit 4096 octets. Elle permet donc de gérer beaucoup plus efficacement les nouveaux disques durs. 

Mais il peut y avoir des problèmes d'incompatibilité avec les produits actuels, écrits pour gérer la FAT 16. Par exemple, avec la FAT 32, un anti-virus pensera qu'il y a un virus, et proposera de le nettoyer. Si l'utilisateur accepte ceci, de graves erreurs vont se produire. Il faut donc attendre de voir des produits "compatible FAT 32", comme il en existe des "compatible Windows 95".

La FAT 32 est maintenant disponible avec la nouvelle version de Windows 95, appelée OSR 2 (OEM Service Release 2). Le programme d'installations de Windows 95 demande à l'utilisateur quelle version de la FAT il doit installer. La FAT 16 reste donc encore disponible.