LINUX ET LA MÉDECINE

Version du 11/03/2001
(Site expurgé de toute image .gif)
Eh oui ! Il fallait bien que ça arrive, vous êtes ici sur la première page consacrée à la médecine sous Linux. Cette page va servir de point de ralliement aux "toubibs free ".
Il s'agit ici de recenser les programmes médicaux et bases de données capables de fonctionner en environnement Linux.
Pour le moment, tout ceci est encore embryonnaire, mais avec votre aide, ça devrait rapidement changer.

Vous trouverez ci-dessous :

Freemed
Les programmes médicaux pour Windows en émulation WINE

Freemed

Un super programme est en train d'être écrit, essentiellement par une équipe essentiellement Américano-Suisse. Il s'agit de freemed. L'url est http://www.freemed.org

Ce programme fonctionne avec la combinaison html/php3/mysql.

L'architecture de ce programme est basée sur un serveur de type internet. Pour travailler, vous vous connectez à ce serveur à partir d'un client muni d'un navigateur internet, qui peut être le même ordinateur, un autre ordinateur du réseau ou un ordinateur à l'autre bout du monde par Internet. Et cet ordinateur peut aussi bien être un Mac, un Windows ou un Linux !!!

Dans une optique où la connexion Internet va rapidement devenir permanente (ADSL, câble...), vous pourrez consulter vos bases de données de chez vous, de chez les patients, ou même d'un pocket raccordé à un GSM.

Comment installer freemed ?

1° Installation d'apache.

Beaucoup de distributions de Linux installent d'office apache (serveur de pages html et de bien d'autres choses). Pour vérifier s'il tourne, tapez dans un navigateur situé sur la même machine l'url : « http://127.0.0.1 ». Si votre navigateur affiche une page html du genre de « it works », c'est qu'apache est lancé.

Sinon, regardez s'il est installé : « rpm -qa|grep apache » (Si votre distribution n'est pas Redhat-compatible, adaptez). Si ça répond, il est installé, mais pas lancé ce que vous pouvez vérifier par « ps aux|grep httpd ». Dans ce cas, lancez-le par « /etc/rc.d/init.d/httpd start ».

S'il n'est pas installé du tout, allez sur votre cdrom et tapez « rpm -i apache..... »

Le fichier de configuration d'Apache devrait être /etc/httpd/conf/httpd.conf

Vous avez aussi besoin d'apache-devel, de freetype et de freetype-devel.

2° Installation de php3

Les distributions récentes proposent des paquetages pré-compilés de php3.

Veillez à installer mod-php3... (Mandrake 7) ou php-3...(Red Hat)

Vous avez un tutorial php3 enFrançais à l'url : http://clauer.free.fr/php3tut/php3_tut.html

Astuces pour faire fonctionner php3 :

votre httpd.conf doit comporter les lignes :

LoadModule php3_module modules/libphp3.so # Cette ligne charge le module php3 d'Apache

AddModule mod_php3.c

et

AddType application/x-httpd-php3 .php3 #Cette ligne signale au système quoi faire des fichiers php3

AddType application/x-httpd-php3-source .phps

ainsi que

DirectoryIndex index.html index.php3 #cette ligne permet à Apache de savoir quelle page doit être lancée par défaut quand on le dirige vers un répertoire donné.

Relancez Apache.

Ne tenez pas compte des docs qui vous décrivent plusieurs fichiers de configuration. Tout est maintenant dans httpd.conf.

Pour vérifier que php3 fonctionne : écrivez un petit script nommé /home/httpd/html/test.php3 (ou /var/www/htpml/test.php3 maintenant), contenant le texte suivant :

<html>

<body>

<?php

echo "php3 fonctionne\n";

?>

</body>

</html>

Lancez ensuite l'URL « http://127.0.0.1/test.php3 »

Si vous voyez affiché dans votre navigateur « php3 fonctionne », c'est gagné.

3° Installation de mysql

rpm -i Mysql...

N'oubliez pas d'installer aussi perl-Mysql

« /etc/rc.d/init.d/mysql start » devrait démarrer le service

Pour vérifier :

« ps aux|grep mys »

devrait donner :

root 1462 0.0 1.4 1828 916 pts/0 S 23:14 0:00 sh /usr/local/mys

root 1475 0.0 2.5 11348 1596 pts/0 SN 23:14 0:00 /usr/local/mysql/

root 1477 0.0 2.5 11348 1596 pts/0 SN 23:14 0:00 /usr/local/mysql/

root 1478 0.0 2.5 11348 1596 pts/0 SN 23:14 0:00 /usr/local/mysql/

Donnez un mot de passe au root de mysql :

#mysqladmin -u root password 'monpassword'

On teste mysql :

#mysql -u root -p mysql

-> mot de passe

mysql> create database n_importe_quoi;

Si la base est créée, c'est tout bon.

mysql> quit # pour quitter ;-)

Sur Mandrake, il faut aussi installer php-mysql

4° Installation de freemed (version 0.2)

Téléchargez l'archive sur http://www.freemed.org.

Détarez-la dans /usr/share : « tar xvzf freemed...»

Rajoutez la ligne

« Alias /freemed /usr/share/freemed » là où se trouvent les Alias dans httpd.conf.

et le paragraphe

<Directory "/usr/share/freemed">

Options Indexes Includes ExecCGI MultiViews FollowSymLinks

AllowOverride All

Order allow,deny

allow from all

</Directory>

Installez les php webtools, disponibles à :

http://sourceforge.net/projects/phpwebtools/

Créez un lien symbolique

# cd /usr/share/freemed

# ln -s /etc/httpd/php/webtools.php . (n'oubliez pas le ".")

Relancez Apache.

Testez en tapant dans un navigateur « http://127.0.0.1/freemed/ ». (Il doit être paramétré pour accepter les cookies)

Vous devriez voir quelque chose d'intéressant.

Pour que freemed accepte vos mots de passe, éditez le fichier /usr/share/freemed/global.var.inc.

Modifiez les lignes :

$host="localhost"

si localhost est le nom de la machine

define(DB_USER, "root")

si root est l'utilisateur de la Base de données SQL

define(DB_PASSWORD, "password")

donne password comme mot de passe pour l'accès à la base SQL,

si besoin

define (DB_ENGINE, "mysql")

Si vous utilisez MySQL, ne touchez à rien. Mais si vous utilisez PostgreSQL, changez ceci en "postgres". (pensez à installer le module php-postgres).

p.ex. DB_ENGINE="postgres";

Relancez 127.0.0.1/freemed/, tapez "root", puis votre mot de passe, et vous devriez être en mesure de travailler.

Allez dans Administation -> reinitialize database -> First initialization.

Faites-le une deuxième fois, mais sans cocher first initialization.

À partir de maintenant, vous pouvez enregistrer des données.

Internationalisation

Dans le global.var.inc, changez la ligne suivante par la ligne qui correspond à l'Europe

$local_date_display="%Y-%m-%d" //format américain

Dans le même fichier, positionnez

$default_language="FR";

Reste le problème de la langue : normalement, freemed devrait être affiché en français par défaut si l'environnement est positionné en français, mais ça n'est pas le cas chez moi.

Accéder à freemed à partir d'une machine du réseau :

Tapez dans la barre d'URL du navigateur :

http://adresse_ip_du_serveur/freemed/

L'écran de login apparaît alors. Vous pouvez travailler comme en local.



Les programmes médicaux fonctionnant sous Linux, nativement ou en émulation

Je voudrais connaître tous les programmes médicaux pour DOS/WINDOWS qui acceptent de tourner en émulation sous Linux.

Les programmes Windows fonctionnant d'une manière ou d'une autre sous Linux :

Nom du programme

Auteur

Disponibilité

Fonctionne avec Wine

Fonctionnement partiel

Observations

Vidal CDROM

OVP

.

Presque parfait pour les deux versions 3/3-2000

avec wine 20001202

faire « wine SETUP.exe », puis dans Program Files/Havas Multimedia/VidalCD/bin, « wine vidalCD.exe »

Non

Tous les médicaments de France.

CD gratuit pour les médecins

Guide des équivalents thérapeutiques

CNAM

http://www.cnamts.fr/san/med/ fichiers/getdpc.exe

Dézipper getdpc.exe sous wine dans un répertoire du disque dur.

Éditer ensuite index.html et index_al.htm pour remplacer les noms en majuscules des liens comme A.htm par a.htm.

Du html pur une fois dézippé

Les équivalents génériques.

Gratuit

Medinet

Gérald Bernardin

http://masef.free.fr/ freewares/freewares.htm

Non pour la version Windows (se dézippe bien, mais fichier .chm inexploitable)

Version Mac HTML parfaite

Une liste de situations pathologiques

Gratuit

Deontologie

Gérald Bernardin, d'après le Conseil de l'ordre

http://masef.free.fr/ freewares/freewares.htm

Non pour la version Windows (se dézippe bien, mais fichier.chm inexploitable)

Oui (version html)

Gratuit. Le code de déontologie.

CDROM Net-Clinique

Beaufour

http://www.bipmed.com

Java dans un navigateur Netscape

Gratuit. Beaucoup d'utilitaires (courbes de croissance, Peak-Flow, etc.)

CD ROM Anatomie des articulations par IRM

Novartis

.

Non

wine 20010305

Nombreuses images tiff et videos avi.

Il manque les explications en l'absence d'interface, mais les images sont de bonne qualité

CDROM

Rhino-sinusites

Roussel Diamant

.

Non

wine 20010305

Nombreuses videos .mov réfractaires à

Xmovie et aktion

.

CDROM Prise en charge des hypercholesterolémies

Sanofi Synthelabo

.

Non

Non

.

CDROM Formation en endoscopie digestive

Tome 1

Astra Zeneca

Dr Canard

Dr Delmotte

Dr Sautereau

.

Oui-parfait sans installation.

faire "wine "CD CARDIA"

.

Iconographie riche et expliquée sur l'endoscopie digestive haute illustrée par Chopin

CDROM Echo-endoscopie linéaire et pathologie proctologique

Parke Davis

.

Non

wine 20010305

Nombreuses vidéos .mov d'échographies légendées

.

CDROM Examens complémentaires en cardiologie

Novartis

.

Assez bon. Pas d'installation

faire "wine novart95.exe"

Pas de son et plantages sur un problème de polices (intallables)

Nombreux fichiers .mov

Tout sur les ECG, scinti, echocardio, etc.

CDROM Logichol

Parke Davis

.

Parfait. (Wine 20010305)

« wine INSTALL.EXE »


Le calcul du risque vasculaire et les conseils diétitiques

CDROM En voyage

Jansen Cilag

Martin Danis

Geneviève Brousse

Ghania Benabdelmoumen

Olivier Vergely

.

Un plantage à la fin de l'installation.

Ensuite : "wine En\ voyage.exe"

Fonctionnement impeccable

.

La carte du monde avec toutes les précautions concernant le palu, les diarrhées et les vaccinations. Moteur de recherche des pays.

CDROM Dialeog dermatologie

Leo

.

Démarre facilement sans installation

Wine plante parfois. (20001202)

Le son ne marche pas

Nombreuses images .pct et vidéos

Lésions dermatologiques, gestes chirurgicaux, cas cliniques

Optimisé en 640x480

CDROM Je consulte n° 15 Évaluation du risque suicidaire

Impact médecin

.

Wine 20010305 plante

Rien de passionnant en l'absence d'interface

.

CDROM certificats médicaux

Mayoli Spindler

.

Installation facile. Lancement par "wine Certificats\ Medicaux.exe" dans le bon répertoire.

Remplir absolument les données personnelles réclamées.

Prévisualisation impossible en l'absence d'imprimante. Possibilité de voir les modèles-types

.

Logiciel d'édition, de personnalisation et d'impression de certificats médicaux

CD AUDIO relaxation

Houde

.

.

Fonctionne dans n'importe quel lecteur de cd audio

Cours de relaxation

CD AUDIO Auscultation

Astra

.

.

Fonctionne dans n'importe quel lecteur de cd audio

Modèle et exercices d'auscultation pulmonaire

CDROM Annuaire des associations de santé 1998

Bayer

.

« wine INSTALLA/install », puis se placer dans AAS98, et faire wine AAS.EXE

Non

Nécessite 47 Mo sur le disque

Optimisé en 640x480

CDROM Médecine interactive

n° 12 Juin 1999

.

.

Non

Des images inexploitables en l'absence de moteur

.

Dia

LSI médical-Cegedim

http://www.lsimedical.com

Non

Non

Logiciel commercial de gestion de cabinet

Meditor

.

.

Oui avec Dosemu

.

Logiciel DOS commercial de gestion de cabinet

Hello Doc Edition spéciale

Imagine

.

Oui avec wine

.

Logiciel de télétransmission

Incompatex

SEMP

.

« wine INSTALL.EXE », puis

cd c/ICPTX101, puis wine ICPTX101.EXE

.

Les incompatibliés médicamenteuses

Les gestes d'urgence en pratique de ville

Novartis

.

« wine urgences.exe »

Fonctionnement imparfait, mais utilisable (wine 20001202)

.

Les gestes d'urgence avec le SAMU de Paris. Bonnes videos quicktime avec le son.

CDROM Syndicat des médecins libéraux

SML

.

.

Pur HTML. Quelques images n'apparaisent pas pour cause de majuscules

Tout sur le SML et beaucoup de textes réglementaires (convention médicale, etc.)

epiinfo pour msdos

Info fournie par D.Trystram

.

http://www.cdc.gov/epiinfo/

Dosemu

.

gratuit

Logiciel d'épidémiologie

Index Prescrire 1981-2000

Revue Prescrire

.

« Wine 20010305 » : l'interface se lance avec un message d'erreur.

Inexploitable

Les archives de la revue Prescrire

Datavax

Aventis Pasteur MSD

..

Non

HTML+Java

Tout sur les vaccins

B.E.S.T rhumatologie

Mayoli spindler

.

« wine install.exe » et ça roule

.

Présentation des pathologies rhumatologiques, des examens et suivi des patients

Médecine Interactive N°18 Janv 2001


Rien à faire avec wine

.


Traité d'urologie

Pr Debré

Labo Pierre Fabre

...

.

Tout HTML

Toute l'urologie : imagerie, pathologie...

Dermatologie pratique

François DANIEL

Labo Schering-Plough

..

« wine win95/install.exe »

puis « wine c/SCHERING.EXE ».

Fonctionnement très imparfait.

.

Images de dermatologie avec commentaires

Bronchiolite du nourrisson

Labo Lilly

..

Installation impossible avec wine.

.

?

Ortho ROM

Labo Pharmacia Upjohn

..

Installer d'abord quickTime

« wine orthow95.exe »

.

Tout sur les traumatismes, les sutrues, les plâtres...

Approche pratique et thérapeutique des pneumopathies communautaires et (...)ORL

Labo Yamanouchi

.

« wine win95.exe »

.

Tout sur les radios, l'auscultation...

Guide du cabinet médical

Labo Lilly

.

« wine leguide9.exe »

.

La gestion du cabinet : législation, fiscalité...

Bronchite chronique

Labo Lilly

.

Rien à faire avec wine.

.

?

Predirisk

Labo Rhone Poulenc

..

« wine install.exe », puis « wine c/PRISK/PRISK.EXE »

.

Estimation du risque cardio-vasculaire

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